Tidak terdapat sumber - sumber tertulis yang menyebutkan secara jelas sejarah lahirnya Desa Pengotan, namun dari beberapa cerita - cerita leluhur dan bukti - bukti peninggalan yang ada, dapatlah kiranya disusun sejarah Desa Pengotan sebagai sebuah kajian dan pendekatan.

Diperkirakan penduduk Desa Pengotan adalah pendatang dari Desa Muteran, Kecamatan Rendang. Kejadiannya bermula masyarakat Pemuteran dijarah oleh pasukan Raja Panji Sakti dari Buleleng, dengan cara pertama membunyikan Gong sakral yang disebut Gong Bebende yang mengakibatkan  sebagian penduduk ribut dan kacau balau, yang akhirnya menyebabkan sebagian penduduk pindah ke daerah Bangli.

Lama - kelamaan penduduk Pemuteran tersebut merasa nyaman di pengungsian, yang akhirnya memutuskan untuk menetap di daerah pengungsian dengan membangun tempat suci Pura Puseh di Banjar Pule, Pura Dalem di Banjar Kawan dan akhirnya membuat kuburan yang bernama Setra Pemuteran. Semakin lama penduduk tersebut semakin banyak, sampai suatu saat seorang penduduk pengungsi tersebut memetik kelapa milik Raja Bangli tanpa melapor/memberitahu.

Semenjak saat itu, Raja Bangli mengusir penduduk tersebut untuk tinggal di hutan di batas utara wilayah Bangli yang terdapat kayu - kayu besar. Penduduk tersebut tidak berani melawan dan meninggalkan Bangli menuju wilayah yang diperintahkan dengan memundut Ida Bhataru Sakti Pingit, Tetabuhan Pinara Pitu, Genta dan yang lainnya.

Raja Bangli selalu memperhatikan dan sering berkunjung ke lokasi penduduk. Pada suatu saat  Raja menyaksikan banyak tanaman lateng yang sudah busuk karena dimakan oleh subatah dan bertumpuk-tumptk seperti oot. Sejak itu Raja Bangli memberi nama daerah ini sebagai Desa Pengotan.